Comment fonctionne la mutuelle d’entreprise en cas d’arrêt maladie ? 

Publié le 14/04/2025

La mutuelle d’entreprise est une protection obligatoire pour l'ensemble des salariés du secteur privé. Cependant, lorsqu'un collaborateur est placé en arrêt de travail (maladie, accident du travail ou congé maternité), son contrat de travail est juridiquement suspendu.

Cette suspension pose des questions cruciales : les garanties de santé sont-elles maintenues ? Qui doit régler les cotisations à l'assureur ? L'employeur conserve-t-il ses obligations ? Nos experts font le point complet sur la réglementation.

Comment fonctionne la mutuelle d’entreprise ? 

Depuis 2016, la loi ANI oblige les employeurs à proposer une mutuelle à leurs salariés. Cette complémentaire santé, appelée mutuelle d’entreprise ou mutuelle collective, s’applique dès l’entrée en poste. L’employeur doit financer au moins 50 % de la cotisation du contrat, même s'il reste libre d'un prendre davantage à sa charge.

L’Assurance Maladie rembourse uniquement une partie des frais de santé. La mutuelle d’entreprise vient compléter ces remboursements partiels de la Sécurité sociale, couvrant le reste à charge selon les niveaux prévus par le contrat. Elle prend en charge divers frais comme les médicaments, les consultations de spécialistes ou encore les hospitalisations.

Mais est-ce le cas si le salarié ne peut plus travailler pendant longtemps ? Arrêt maladie longue durée et mutuelle entreprise, que se passe-t-il ? C’est ce que nous allons voir. 

Mutuelle collective : que se passe-t-il en cas d'arrêt maladie ? 

Les règles générales de l’application de la mutuelle d’entreprise en cas d’arrêt de travail 

Lors d’un arrêt maladie, le maintien de votre mutuelle dépend de votre situation. 

Voici le rôle de la mutuelle d’entreprise en cas d’arrêt maladie :

  1. Maintien de salaire :

Si votre salaire est partiellement maintenu, vos garanties et cotisations à la mutuelle sont conservées. L’employeur complète alors les indemnités journalières versées par l’Assurance Maladie et vous restez couvert par votre mutuelle pendant l’arrêt maladie.

  1. Absence de maintien de salaire :

Si votre salaire n’est plus maintenu par votre employeur mais que vous continuez à percevoir les Indemnités Journalières de la Sécurité Sociale (IJSS), la réglementation et la jurisprudence imposent le maintien obligatoire de vos garanties de santé. L'employeur reste tenu de verser sa part patronale.

Le contrat ne peut être suspendu que si le salarié ne perçoit plus aucun revenu de remplacement (fin des IJSS).

Les conditions pour un arrêt maladie rémunéré 

Pour percevoir des indemnités journalières et rester couvert par la mutuelle, vous devez :

  • avoir travaillé au moins 150 heures sur les 3 derniers mois ou 90 jours précédant l’arrêt ;
  • avoir cotisé sur un salaire d’au moins 1 015 fois le Smic horaire au cours des 6 derniers mois 
  • compter plus d’un an d’ancienneté dans l’entreprise (pour le versement du complément employeur après un délai de carence de 7 jours) ;
  • ne pas être intermittent, saisonnier, salarié temporaire ou travailleur à domicile ;
  • transmettre le certificat médical à l’employeur sous 48 heures ;
  • recevoir des soins en France ou dans un pays de l’Espace économique européen (EEE).

Si vous remplissez ces conditions, votre employeur continue de payer la part patronale de votre mutuelle pendant l’arrêt maladie.

Les limites du maintien de salaire en cas d’arrêt de travail 

Le versement par l’employeur est limité dans le temps, en fonction de votre ancienneté et du pourcentage de salaire couvert prévu par la loi ou votre convention collective.

En général, les salariés sans maintien de salaire par l'entreprise sont ceux ayant moins d’un an d’ancienneté ou ceux arrivés au bout des droits d’indemnisation lors d'un arrêt maladie de longue durée. Toutefois, le versement des IJSS par la Sécurité sociale prend le relais pour garantir le maintien des droits à la mutuelle.

Qui paye les cotisations à la mutuelle pendant l'arrêt de travail ? 

Le salarié reste tenu de payer sa cotisation (part salariale) à la mutuelle d’entreprise pendant son arrêt maladie, car il perçoit une indemnisation (de l’employeur ou de la Sécurité sociale) et doit donc cofinancer sa complémentaire santé. Elle est précomptée sur le bulletin si un maintien de salaire existe.

En pratique, trois situations se présentent :

Cas 1 : le salaire est maintenu. Votre part salariale est directement prélevée sur votre fiche de paie. L'employeur règle sa part patronale habituelle.

Cas 2 : le salaire n'est plus maintenu, mais vous touchez des indemnités (IJSS ou prévoyance). L'employeur paye toujours sa part patronale. En revanche, votre bulletin étant à zéro, vous devez régler votre part salariale directement à l'assureur, sauf si l'accord de l'entreprise prévoit une exonération.

Cas 3 : vous ne percevez plus aucun salaire ni aucune indemnité. Si vous arrivez par exemple au bout de vos droits et ne touchez plus d'IJSS ni de complément de prévoyance, l'obligation de cofinancement de l'employeur prend fin. Pour ne pas perdre vos garanties, vous devez alors payer l'intégralité de la cotisation (100 % du tarif)à titre individuel, sauf si le contrat de votre entreprise inclut une clause d'exonération gratuite en cas de coup dur.

Renseignez-vous auprès du service des ressources humaines qui pourra vérifier les dispositions de la convention collective en vigueur.

Mutuelle d’entreprise et congés : à quoi s’attendre ? 

S'il s'agit de congés payés posés sur le planning de l'entreprise et validé par l'employeur, votre mutuelle d'entreprise reste active et vous continuez à payer votre cotisation, car votre contrat de travail est toujours actif.

En cas de congé sabbatique négocié avec votre responsable, votre contrat de travail est donc suspendu et vous ne pouvez plus percevoir de salaire. En principe, vos droits à la mutuelle d'entreprise cessent, cependant, des exceptions peuvent s'appliquer :

  • Un accord collectif ou une décision de l'employeur peut garantir le maintien de la mutuelle, en précisant la durée et les conditions de paiement des cotisations ;
  • Votre contrat peut permettre de conserver les garanties santé si vous payez la totalité des cotisations durant le congé.

En cas de congé maternité, vous conservez obligatoirement les garanties de votre complémentaire santé entreprise, car vous recevez des indemnités journalières de la Sécurité sociale.

En cas de congé parental, le contrat est suspendu et vous perdez par défaut les avantages de votre mutuelle d'entreprise. Cependant, des exceptions sont possibles :

  • Un accord collectif ou une décision de l'employeur peut prolonger la mutuelle pendant tout ou une partie du congé parental ;
  • Votre contrat peut offrir le maintien des garanties santé si vous assumez l'intégralité des cotisations pendant le congé.

Que faire si la mutuelle santé d’entreprise ne me couvre pas ?

Si vous ne pouvez pas profiter de la couverture santé de votre mutuelle d’entreprise (en cas de congé sans solde non couvert par exemple), ne restez pas sans protection. En cas d’accident ou de maladie, les frais de santé peuvent rapidement devenir élevés, et les remboursements de l’Assurance maladie ne suffisent pas.

Pour limiter vos dépenses :

  • Souscrivez une complémentaire santé adaptée (contrat temporaire) pour couvrir la période sans mutuelle d’entreprise ;
  • Ajustez les garanties au strict minimum en fonction de vos besoins actuels pour maîtriser votre budget.

Qu'est-ce que la prévoyance collective ? 

Contrairement à la complémentaire santé, un employeur n’a aucune obligation légale de souscrire une garantie de prévoyance collective. Cependant, cette garantie est obligatoire pour tous les cadres, quel que soit le secteur ou la taille de l’entreprise.

Pour les salariés non-cadres, une convention collective ou un accord de branche peut imposer une prévoyance obligatoire. Dans ce cas, les entreprises concernées doivent souscrire une protection collective pour leurs employés. Si aucune prévoyance collective n’est prévue, vous pouvez informer vos salariés qu’ils ont la possibilité de souscrire une assurance prévoyance individuelle.

En cas d’incapacité temporaire de travail (ITT) ou d’invalidité, la prévoyance collective peut compléter les indemnités journalières et le complément de salaire. Le montant des indemnités dépend des garanties choisies par l’entreprise et des dispositions prévues par la convention collective.

Quel est le rôle de l’employeur en cas d’arrêt maladie de son salarié ? 

L’accompagner dans ses démarches : 

Restez en contact avec votre salarié en arrêt de travail pour l’aider dans ses démarches et répondre à ses questions et expliquez-lui clairement les étapes à suivre pour bénéficier du maintien de salaire, des indemnités journalières de la Sécurité sociale et du complément de salaire.

L’informer sur le remboursement des frais médicaux et le maintien de salaire : 

Expliquez à votre salarié comment ses frais médicaux seront remboursés et détaillez le fonctionnement du maintien de salaire. Fournissez toutes les informations nécessaires pour l’aider à gérer sa situation efficacement pendant sa convalescence.

Les erreurs à éviter

Évitez les erreurs dans la gestion d’un arrêt maladie :

  • Ne rompez pas le contrat de travail d’un salarié en arrêt maladie au seul motif de sa santé, sous peine de nullité du licenciement (hors cas de faute grave ou de motif économique réel)  ;
  • Ne faites pas pression pour qu’il reprenne le travail avant la fin de son arrêt de travail validé médicalement.

Garantir la couverture santé

En tant qu’employeur, nous l’avons expliqué plus haut dans l’article, vous devez souscrire une mutuelle d’entreprise pour vos salariés. Les règles et garanties varient selon la convention collective. En cas d’arrêt maladie, surtout de longue durée, accompagnez le salarié pour qu’il conserve sa couverture santé et, si possible, tout ou une partie de son salaire.

Mutuelle collective et arrêt maladie : notre FAQ

Que devient ma mutuelle en cas de passage en mi-temps thérapeutique ?

Durant un mi-temps thérapeutique, votre contrat de travail n'est pas suspendu, il est simplement aménagé. Votre mutuelle d'entreprise reste pleinement active. Les cotisations patronales et salariales continuent d’être prélevées normalement, au prorata de la rémunération brute maintenue.

L'employeur peut-il suspendre la mutuelle si l'arrêt fait suite à un accident du travail ?

Non. Que l'arrêt de travail découle d'une maladie ordinaire, d'une maladie professionnelle ou d'un accident du travail, les règles de protection sont identiques. Dès lors que le salarié est indemnisé par le régime obligatoire (IJSS), le cofinancement de la mutuelle par l'employeur reste obligatoire.

Je suis placé en invalidité : ai-je encore droit à la mutuelle collective ?

Tant que votre contrat de travail n'est pas rompu (licenciement pour inaptitude), l'invalidité suspend le contrat. Si vous touchez une pension d'invalidité complétée par l'organisme de prévoyance de l'entreprise, le maintien de la mutuelle santé reste obligatoire. En cas de licenciement, vous pourrez bénéficier du maintien gratuit via le mécanisme de la portabilité (jusqu'à 12 mois).